小儿心肌炎经过正规的治疗和合理的休息，90%的孩子在经过半年以上或者数年的治疗可以痊愈。但是部分孩子会进入慢性期，迁延不愈，临床症状会反复出现，劳累或者呼吸道感染都会诱发症状加重。
进入慢性期以后，心脏功能越来越弱，心脏收缩功能越来越低，就会出现慢性心力衰竭，经过数年的演变以后，心脏会扩大，即扩张性心肌病，这时预后很差，最后需要做心脏移植来纠正。预后好坏与感染病毒的种类有关，如果病毒毒性较大，预后就差。
新生儿如果感染病毒性心肌炎，死亡率会很高，可以达到50%，因为新生儿免疫力很低，病毒侵犯心脏以后，可以引起心肌大量坏死。如果出现心脏功能的下降，预后也是不好的。有的孩子会出现心律失常、各种早搏、各种心动过速，如果出现反复室性心动过速，预后也是不好的。