大部分小儿心肌炎经过合适的、合理的治疗和休息，数月甚至数年治疗，绝大部分孩子是可以治愈的。部分孩子持续半年以上不缓解、病情反复，会留下后遗症，具体如下：
1、运动后乏力、胸闷、憋气等症状，迁延1年以上，持续1年以上，会进入慢性期，慢性期的孩子会出现慢性心功能不全、慢性心力衰竭，年数久了以后会出现扩张性心肌病，最终死于心力衰竭；
2、有些孩子会出现各种早搏，比如房性早搏、室性早搏、室性心动过速、房性心动过速；
3、有的孩子会出现各种传导阻滞，一度阻滞心率是没有问题的，二度、三度传导阻滞时，心跳会有漏搏、有停顿，三度房室传导阻滞最严重，心率很慢，心率只有40-50次，这时脑供血不足，会造成严重的缺氧，孩子经常会出现晕厥、甚至猝死。所以对于心肌炎的孩子，要定期进行观察、随访、定期检查。