脑损伤的孩子经过了前面几个阶段，一般过了半年后就进入了后遗症期，如果前期没有完全恢复，出现了如肢体功能障碍或智力方面的障碍，甚至遗留癫痫等，这时进入了后遗症期。如果是发育中的大脑出现脑损伤，很容易出现小儿脑瘫。这时的治疗是比较综合的全面治疗，还包括常用的物理治疗、运动疗法，通过康复治疗时的手段、技巧，来维持关节灵活、肌肉正常力度。通过功能训练，触动大动作的发育，触动抬头、翻身、坐、爬、站、走等动作。除了运动训练以外，还会用物理因子的介入，这些都属于物理治疗。常用的有蜡疗，蜡疗在脑瘫治疗里面作用于痉挛型瘫痪的孩子，如痉挛型双瘫、痉挛型四肢瘫，有些孩子会出现小腿三头肌或股四头肌，或大腿内收肌群痉挛。蜡疗是很不错的选择，通过蜡的物理特性，热度的保持能够降低肌肉疼痛、挛缩，缓解症状。
除了物理治疗以外，还有作业治疗来提高孩子手的精细功能，从而提高生活自理的能力。其它还包括语言治疗，有些孩子还出现失语症，或出现构音障碍和流涎后遗表现，此时语言治疗很重要。