婴儿肠套叠最早期的症状为出现阵发性哭闹或者腹痛，如果哭闹不安、不易安抚，有必要带婴儿就医，此时有可能发生肠套叠，因较小的婴儿不具备语言表达能力，腹痛无法言说，取而代之的是剧烈的哭闹，且疼痛会导致婴儿面色苍白，期间会安静一段时间，大概哭闹十多分钟后又安静几分钟，而安静一段时间后又再次出现大哭，难以安慰，持续、反复的发生哭闹，需要高度警惕肠套叠的可能。
除此之外，还有可能出现呕吐，此为继腹痛后的一种最常见的症状，从开始呕吐食物残渣到绿色胆汁，更严重的会呕吐粪水样液体，也会出现果酱样大便，一般哭闹后排出血便，血便的形状呈稀薄黏液状，有时呈胶冻样的果酱样，几小时后仍然会排出血便，且腹部还会出现包块，在发病初期、哭闹的间歇期因腹肌伸直，右上腹较易摸到腊肠样包块且包块有弹性、可以活动。