根据新生儿肺炎的分类，分为吸入性肺炎和感染性肺炎，所以病因也是不同的：
1、吸入性肺炎：多因吸入胎粪、羊水、乳汁引起来，也可以因为患儿自身吞咽反射不成熟，吞咽动作不协调，食管反流以及唇腭裂这些因素引起的乳汁或分泌物吸入而引起；
2、感染性肺炎的病因：多数因为宫内感染、产时或者产后的感染所致。其中，宫内感染性肺炎多为母亲孕期受巨细胞病毒、单纯疱疹病毒、风疹病毒以及细菌、支原体、衣原体等引起的感染。严重的感染多与产科因素有关，如胎膜早破，胎儿分娩过程中吸入产道污染的羊水分泌物。出生后感染性肺炎多因呼吸道感染、血行传播感染、医源性传播感染以及护理不当、受凉所引起的。