慢性根尖周脓肿通常没有明显自觉症状，特别是儿童由于痛觉感知神经发育不完全，以及牙槽骨较成人疏松原因，通常没有明显不适。
部分患儿有咀嚼不适或者咀嚼痛，但是临床检查患儿多伴有龋坏，仔细询问患儿及家长病史，就会发现此类患者多有牙髓炎病史，即曾经疼过或者曾经肿过，但未曾治疗过或者治疗不彻底。所以尽管疼痛不明显，但是已经是乳牙龋坏发展的严重阶段。如果带患儿就诊医生会给患牙拍X线片，从X线片上可以发现，患牙根尖周呈现边缘模糊的不规则透射影，周围骨质疏松而呈云雾状，也就是说炎症导致牙根及牙根周围的骨头已经发生吸收，可见炎症严重程度。