儿童根尖周囊肿发病并不多，主要发生于恒上前牙区。根尖周囊肿大小不定，可由豌豆到鸡蛋大。小囊肿在牙龈表面多无异常表现，囊肿发展较大时，可见患牙根尖区牙龈处呈半球状隆起，囊肿过分增大时，因周围骨质吸收并压迫邻牙，造成邻牙移位、松动与倾斜或邻牙牙根吸收。
如果囊肿发展到更大时，表面骨质变为极薄骨板，扪诊时可有乒乓球样感觉并发出所谓羊皮纸样脆裂声。最后此层极薄骨板也被吸收时则可发生波动感，当下颌囊肿发展过大，骨质破坏过多时，可能引起病理性骨折，上颌骨囊肿可侵入鼻腔和上颌窦，而使眼球受到压迫影响视力甚至产生复视。