小儿肠炎用药首先要判断肠炎原因，如果由于细菌感染引起肠炎，应给予抗生素对症治疗，而如果是病毒感染或非感染性腹泻，就不需给予抗感染治疗，主要做好对症治疗即可。对症治疗主要指针对肠炎表现，也就是主要针对腹泻本身使用药物。最常用首先是肠黏膜保护剂，比如蒙脱石散，可增强肠黏膜屏障作用，吸附病原体和病毒，减少肠道细胞分泌功能，因此有水样便时，有良好止泻作用。
微生态疗法，也就是添加益生菌，可帮助孩子调理肠道菌群，恢复肠道微生态平衡，重建肠道天然屏障保护作用。常用益生菌主要包括双歧杆菌、乳杆菌等，但要注意益生菌本身没有即时止泻作用，因此对于急性腹泻，不作为快速止泻药物，而作为辅助治疗药物。另外也可补充微量元素和维生素，比如可补充锌制剂，及维生素A、B、C等，配合益生菌使用。如果孩子有轻微脱水表现，可使用口服补液盐。而如果孩子有较严重脱水表现，比如已经无尿，就需考虑静脉补液。除此之外对于小月龄孩子，如果腹泻时间较长，还需警惕继发乳糖不耐受或牛奶蛋白过敏。因此可根据孩子表现，考虑是否需调整奶品，比如可在母乳前添加乳糖酶，或换用免乳糖奶粉等。