婴儿患肠炎后能否自愈，要根据引起肠炎病因，如果由于细菌感染引起肠炎，就不能自愈，针对细菌感染引起肠炎，需给予抗生素对症治疗。如果病毒感染或非感染性肠炎，病毒感染本身可自愈，不需使用抗病毒药物，及抗感染治疗药物。但针对肠炎相关表现，患肠炎时，往往容易出现腹泻，针对腹泻多数需治疗。除非孩子腹泻表现特别轻微，可暂时不干预。但如果孩子腹泻较明显，就需针对腹泻做对症治疗，比如可添加肠黏膜保护剂，像蒙脱石散帮助止泻。
另外微生态疗法，也就是添加益生菌，比如常用双歧杆菌、乳酸杆菌等。但要注意益生菌没有即时止泻作用，因此对于急性腹泻不作为快速止泻药物。另外也可给孩子补充微量元素和维生素，例如添加锌制剂，或维生素A、B、C等配合益生菌使用，都有助于腹泻恢复。另外对于肠炎，如果因腹泻出现脱水，更严重表现需及时治疗。如果有轻微脱水表现，可自行口服补液盐，如果有较严重脱水表现，就需考虑静脉补液的问题。