新生儿期主要指从出生到出生后28天，所以新生儿期需接种疫苗包括两种，即乙肝疫苗和卡介苗。出生后24小时内应接种乙肝疫苗，接种乙肝疫苗同时若母亲属于乙肝病毒携带者，新生儿应在出生后6小时内肌内注射高价乙肝免疫球蛋白，同时换部位注射乙肝疫苗。卡介苗一般是出生后3天内注射，通常采用皮内注射方法。新生儿注射卡介苗在2-3周后会在上臂出现直径大约1cm红肿硬结，中间逐渐形成白色小脓疱，可自行穿破形成溃疡，脱落痊愈后可遗留永久圆形疤痕。
早产儿或存在皮肤病变以及发热情况需暂缓接种卡介苗，若怀疑存在先天性免疫缺陷新生儿是接种卡介苗的绝对禁忌症，不能接种，以免接种后发生全身感染危及生命；发热新生儿待体温正常后可进行接种卡介苗，同时注意监测体温情况；若存在皮肤局部病变需及时治疗皮肤病变，治疗痊愈后可接种卡介苗；早产儿要求体重达到2.5kg可接种卡介苗。