三个月的孩子咳嗽原因非常多，主要有：
1、局部因素，比如解剖发育上特点，小婴儿的胃是横位，喷门口比较松，幽门的口比较紧，容易胃食道反流，胃食道反流就导致咳嗽，呛奶以后也会咳嗽；
2、呼吸道的因素，比如呼吸道感染，有上呼吸道感染，下呼吸道感染肺炎，经常会咳嗽，喉炎也会咳嗽，气道高反应性也会咳嗽。
诊断咳嗽要除外呼吸道感染和过敏因素，呼吸道感染可以分析有没有其他的伴随症状，假如咳嗽伴有发热，往往是感染性疾病引起来；假如咳嗽伴有喘，特别是过敏性鼻炎、哮喘的症状，往往叫气道高反应性，是过敏性咳嗽或者是过敏性哮喘的症状；如果孩子没有感染的症状，只是打嗝，突然刚吃完奶咳嗽，往往要注意胃食道反流引起来的咳嗽胃。食道反流严重时也容易误吸，引起吸入性肺炎。
常见的相应不同病因的咳嗽也有不同针对性的处理：
1、感染性咳嗽，主要是治疗感染为主；
2、过敏性咳嗽，主要是要缓解气道高反应性，可以做雾化吸入，吃抗过敏的药；
3、胃食道反流，要采取体位喂养，少量多餐的措施，同时要促进胃肠道动力，要吃增稠的食物，防止胃食道反流，缓解咳嗽的症状。