儿童脑炎的判断方法，最常见的方法是进行腰穿，检测脑脊液中是白细胞高还是淋巴细胞高，以判断是病毒性脑炎还是细菌性脑炎。通常很少见有真菌性脑炎，通常是病毒和细菌感染引起的脑炎，需做腰穿进行脑脊液检测。
其次，可进行生化检查，包括血常规、电解质等，再进一步是做脑部核磁、脑部CT、脑电图等。
另外，要根据临床表现来综合分析，即有没有头痛、呕吐、意识模糊、抽筋、吸吮反射等临床表现，有时不典型抽筋是不容易看出的，比较有经验的医生才看得出来是抽筋。而大一点儿童就会表现有烦躁、特别哭闹不安，一直诉说不舒服。总之，判断儿童脑炎，常做是脑脊液的检查、脑脊液的生化常规和培养，以做出综合判断。