儿童脑干型脑炎是非常严重的疾病，疾病病死率高达30%左右，预后较差。即使经过积极救治，一部分患儿也会留有不同程度的后遗症，如智力发育落后、吞咽功能障碍、偏瘫等。近几年导致儿童脑干脑炎，最熟悉的疾病是EV71病毒感染导致的重症手足口病，脑干受累导致的死亡率高。因为脑干是人体重要的生命中枢、重要的生命器官，关系到呼吸循环的重要中枢都在脑干部位，所以一旦受累，可能危及生命。
患者可以表现出意识障碍、昏迷、抽搐、呼吸节律不规则等。经过积极治疗后，后期也可能有不同程度的后遗症，如肢体瘫痪、面部肌肉麻痹、眼球内向外斜视，甚至吞咽困难、不能讲话、昏迷等。在重症监护病房，有些患者因为吞咽功能、咳嗽功能不能得到恢复，可能需要长期使用呼吸机，对呼吸机存在依赖，所以脑干型脑炎的预后相对较差。