狭颅症手术较常见的后遗症为颅骨缺损和颅骨变形，狭颅症手术涉及到大范围的颅骨调整，甚至涉及到转移颅骨情况，造成颅腔扩大。颅腔扩大后，颅骨表面会存在部分颅骨缺损。
低龄儿童，尤其1岁以内患儿的颅骨缺损，经过长时间会重新长出颅骨，这在成人、大龄儿童里不可见，只有低龄儿童才有这种能力。患者颅骨截骨以后，少数情况下不能达到完美匹配，会出现台阶，只要在手术过程中将颅骨修饰好，可以最大限度避免颅骨台阶的形成，避免头皮下摸到成角、成棱等情况。
颅骨缺损、颅骨变形是为对常见的后遗症，在所有病例中占3%-5%。患者可以出现头皮感染。颅腔扩大以后，患者头皮会不够用，伤口缝合的位置较紧，在此区域由于大脑快速生长，会重新牵拉皮肤，引起皮下积脓、感染。
此外，术后患者还会出现二次变形，这种情况与手术设计有较大关联。由于手术设计不合理，没有留出更多的余地，手术早期患者会有较好效果。经过一段时间，比如3个月或者6个月之后会出现再次变形，需要医生尽量避免。