生过苯丙酮尿症孩子后，二胎可能还会是苯丙酮尿症患儿，因为本病属于常染色体隐性遗传，即指父母各带一条正常和异常染色体，且都只带一条致病基因，因此不发病，但传给下一代时候，如果将两条致病染色体都传给孩子，则会导致其发病，几率大概是1/4。
如果父母仅把两条正常染色体遗传给下一个孩子，则出生后孩子完全正常。但如果爸爸或妈妈一方给将正常染色体，而另一方将致病染色体传给二胎，会导致小孩携带致病基因，但临床表现正常，不发病，此种情况的概率为1/2。
总之，如果父母本身携带有致病基因，则生下苯丙酮尿症孩子的几率是1/4，二胎还有1/4几率生下苯丙酮尿症患儿，同时生下两个患苯丙酮尿症孩子几率约为1/16。