房间隔缺损手术相对预后比较好，因为房间隔缺损相对来说先天性心脏病里面比较轻的一种病，包括近期疗效跟远期疗效，特别是单纯房间隔缺损，应该更加好。因为房间隔缺损，如果缺损比较大或者分流量比较大，会引起其它结构异常，比如三尖瓣反流，三尖瓣有轻度或者中度以上反流，或者肺动脉瓣有狭窄，房间隔缺损有的时候往往合并先天性肺动脉瓣狭窄，这种孩子肺动脉瓣还要处理，肺动脉瓣要切开打补片，远期瓣环发育，有可能以后要狭窄或者肺动脉瓣反流。
房间隔缺损如果合并三尖瓣反流，手术当中还要做整形，瓣膜整形远期要随访，不是各个都能够维持住。如果以后反流增加，还要再次手术，所以单纯的房间隔缺损，预后一般都比较好。