先天性室间隔缺损部分可以自愈，尤其膜部室间隔缺损和肌部室间隔缺损，在3-5mm内，自愈机会比较大，自愈时间在两岁内，超过两岁没有愈合，愈合可能性不大。两岁内的等待时间，家长一定带患儿到医院定期复查，以免出现室间隔缺损扩大或者心脏其它问题，没有及时发现。
室间隔缺损随访过程，家长要每3-6个月带孩子到医院接受检查，密切观察缺损大小变化以及心脏异常情况出现。部分孩子可因为室间隔缺损导致心脏感染，出现心内膜炎，这种情况需要尽早接受手术治疗。室间隔缺损虽然能够自愈，但是随访非常关键，不能为等待自愈不去医院就诊，这样可能贻误治疗。