梗阻性肥厚型心肌病的临床症状与患者梗阻程度密切相关。轻微梗阻患者症状不明显，患者可能有劳力性呼吸困难、乏力，运动后气短。随着梗阻加重，患者症状会逐渐加重，会出现类似心力衰竭的表现。此外，部分患者有胸痛，约有1/3患者在运动时会胸痛，与心绞痛症状相似。
心肌肥厚会消耗掉更多氧气，随着运动加强对氧气的需求逐渐增高，而冠状动脉无法供应足够氧气，造成患者胸痛。部分患者出现心律失常，主要是心房颤动、各种早搏。
严重情况会出现运动时发生晕厥，运动过程中患者突然意识不清，短时间内又恢复过来，进一步可发展为猝死，梗阻性肥厚型心肌病是青少年和运动员发生猝死的主要原因。