儿童矮小症是否影响大脑发育要分多方面分析。引起儿童矮小症的原因是多方面，病因非常多，比如有内分泌因素、骨发育方面因素、慢性营养障碍性疾病、染色体疾病等。以上因素分别分析是否影响大脑发育，具体分析如下：
1、垂体的生长激素分泌减少，如果只是单纯影响到生长激素的分泌，多数孩子的智力是不受影响；
2、甲状腺功能减低症，要引起重视，因为甲状腺激素是身体非常重要的激素之一，对于生长发育有非常重要的作用，不仅对身高增长有影响，对大脑发育也有很大影响。因此我国在孩子出生的时候会做先天性甲低的筛查，目的就是为了早期检查到甲状腺功能减低症，做好防范。因为甲状腺功能减低症如果早期发现、早期治疗，对人不会有太大影响，但是如果错过了早期阶段，会对大脑发育造成影响，会引起智力异常；
3、如果是骨关节方面的疾病，通常对智力影响不大；
4、如果是染色体疾病，比如孩子存在Turner综合征，要看Turner综合征的具体类型，如果正常细胞占的比例比较多，对智力不会有太大影响，如果正常细胞占的比例比较少，会对智力有少许影响。