室间隔缺损如果缺损比较偏大，比如在3mm以上，患者可出现很多的并发症：
1、慢性心力衰竭，孩子会呼吸增快、心率增快、生长缓慢；
2、可并发反复性呼吸道感染、肺炎；
3、最常见的并发症是肺动脉高压，如果缺损比较大，孩子年龄在2周岁以上，肺动脉高压就会越来越厉害、越来越高，等到晚期进展达到不可恢复的肺高压，术后肺高压也不能恢复，这时孩子就错过了最佳手术时机；
4、感染性心内膜炎，因为血流由左向右分流的时候会冲击心室壁、心内膜、两尖瓣、三尖瓣，很容易造成瓣膜即心内膜的损伤，血小板和细菌就会在此地方形成一条血栓的赘生物，导致孩子心力衰竭；赘生物如果脱落，会栓塞到大脑里导致脑瘫，从而使患者出现肢体麻木、昏迷等症状；
5、如果室间隔缺损位置比较偏高，在肺动脉瓣下，会引起瓣膜的反流、主动脉瓣脱垂，甚至反流；如果患者年龄比较大，术后反流也比较重时，就需要进行主动脉瓣换瓣；如果换瓣的成本太高，可影响孩子一生的生活质量。