通常把室间隔缺损分为限制性室缺和非限制性室缺。限制性室缺往往指比较小的室缺，左向右分流量比较小，临床表现除了有心脏杂音体征以外，对孩子的生长发育影响比较小，临床症状不明显。但是，较小室缺也有一种比较严重的并发症，即感染性心内膜炎，感染性心内膜炎一旦发生，非常严重，可能导致栓子脱落，出现脑梗塞或者瓣膜腐蚀的情况，出现瓣膜关闭不全，甚至出现严重感染、败血症，可能导致患儿死亡。
非限制性室缺通常是指比较大型的室缺，左向右分流量比较大，患者往往在早期会出现充血性心力衰竭表现，患者往往会出现生长发育缓慢、反复呼吸道感染，由于室间隔缺损的左向右分流量比较大，很快会出现肺动脉高压、肺动脉增粗，如果肺动脉压迫到喉返神经，可能出现声音嘶哑甚至无声表现。另一种情况是增粗的肺动脉有可能会压迫到支气管，如果压迫到支气管，尤其压迫左侧主支气管会造成支气管狭窄，从而导致肺部感染加重。如果情况持续加重，会出现心力衰竭或者呼吸衰竭，危及患者生命。
如果肺动脉高压长时间进展，会导致艾森曼格综合征，出现不可逆的肺动脉高压，肺动脉高压一旦出现，就会失去手术机会，这是一种高位的室间隔缺损，紧邻主动脉瓣，往往会导致主动脉瓣脱垂，长时间会导致主动脉瓣关闭不全，从而出现比较严重的并发症。