儿童肾病综合征的预后相对比较好。儿童肾病综合征的临床病理表现大多是微小病变型，在临床多数表现为单纯性肾病综合征，没有血尿、高血压、持续反复的低补体和肾功能不全，引起以上改变的相对比较少见。病理分型是微小病变型，对激素大多是敏感，所以儿童肾病综合征是有药可治，预后相对比较好。
有些孩子对激素耐药，或者激素反复，要加免疫抑制剂，经过免疫抑制剂的治疗，部分孩子可以缓解，但是儿童肾病综合征容易复发。有85%的孩子可能开始对激素敏感，但是治疗也容易复发，复发的原因大多有感染，或者劳累。所以一定要长期坚持随访，坚持治疗，每次到医院复诊，医生会告诉家属及患者如何用药，如何运动，如何避免感染，还会给予健康指导。
孩子要经过漫长的反复的过程，在临床治疗过程中，有些孩子的激素可以停用，大约有1/3，也就是30-40%的孩子用激素以后可以完全治愈，以后不再反复。但有2/3的孩子会反复，经过反复的孩子大多到了青春发育期以后，如13岁以后，体内激素水平能升高，大多就完全缓解了。所以儿童肾病综合征的预后相对是比较乐观。