抗生素副作用一般可以分为三类:
1、药物已知药理作用的放大反应
2、药物或其代谢物的免疫作用
3、药物或其代谢物的毒性作用
大部分副作用是由于药物正常药理作用的放大及过量使用引起的。
儿童使用抗生素最明显的副作用是肠道正常菌群失调，还可引起肝肾受损、营养不良，增加患哮喘和糖尿病的风险，破坏儿童免疫力，除此之外，一些抗生素对儿童是慎用甚至禁用的。
(1)氨基糖苷类抗生素。此类抗生素对耳和肾脏的毒性比较大，尤其是耳毒性，在严重的情况下还能够造成患者的失聪，因此在使用时必须要加强注意。此外，它对于神经肌肉还有一定的阻断作用。
(2)四环素类抗生素。此类抗生素里面的化学成分能够与钙发生化学反应产生出黄色的沉淀物，当遇到新生的牙齿时，容易使得牙齿变黄，形成人们常说的四环素牙，影响美观。同时此类抗生素对于骨骼的生长也有影响，因此不利于儿童的生长发育。
(3)氯霉素。易引起灰婴综合征，即早产儿和新生儿循环系统衰竭。
(4)磺胺类药物。能引起早产儿和新生儿黄疸、粒细胞减少。
(5)喹诺酮类药物。有影响骨骺软骨细胞的副作用，导致患儿提前骨化，因此能够妨碍儿童身高的增长，引起负重骨关节组织损伤等。因此，对于以上类型抗生素，在使用的过程中应当慎重或禁用。
